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2003年8月正式挂牌成立，是呼和浩特市人民政府举办的唯一一所全日制高等学校，被列为“内蒙古自治区优质专科高等职业院校”“内蒙古自治区示范性高等职业院校”“内蒙古自治区高水平高职学校”建设单位。

学院先后入选教育部首批现代学徒制试点院校，全国首批高技能人才培养示范基地，全国重点建设职业教育师资培养培训基地，国家级职业教育“双师型”教师培训基地，国家级职业教育教师教学创新团队立项建设单位，教育部职业院校文化素质教育指导委员会成员单位。

学院现有主校区、北校区、塔利校区三个校区，都位于呼和浩特市新城区。三个校区之间距离较近，且紧临白塔国际机场、呼和浩特火车东站和地铁口，地理位置优越。

前身是1978年建校的内蒙古石油化工学校和1979年建校的内蒙古建材工业学校，两校于2003年合并升格为高职院校。

2009年升格为本科院校，更名为呼和浩特民族学院。2016年通过教育部本科教学合格评估。2023年成为自治区“十四五”时期应用型转型高校、自治区人员总量控制试点高校。2024年获批为新增硕士学位授予单位。

1958年，集宁师范学校建立，同年国务院批准成立了乌兰察布盟师范专科学校。1976年，自治区人民政府批准恢复乌盟师范学校。1977年恢复高考后，开始招收大专班。

学校始建于1958年成立的呼伦贝尔大学，1977年恢复本专科招生。1992年，呼伦贝尔盟教育学院、内蒙古广播电视大学呼伦贝尔盟分校、呼伦贝尔管理干部学院、海拉尔师范专科学校合并，重新组建成立呼伦贝尔大学。

1996年全国人大常委会副委员长程思远同志莅临学校考察指导工作。学校初创时期举步维艰，财力匮乏、校舍简陋、师资不足。在创建过程中得到了各级政府、社会各界人士和巴彦淖尔人民的大力支持和资助。

鄂尔多斯应用技术学院是在2008年开办的内蒙古大学鄂尔多斯学院的基础之上，于2015年4月整合内蒙古工业大学矿业学院、内蒙古医科大学鄂尔多斯学院等办学资源组建的全日制普通本科院校，是地方高校转型发展过程中教育部批准成立的第一批以“应用技术”命名的本科院校。

2016年，被确立为全区转型发展试点院校，同时被列入全国百所“产教融合发展工程建设规划项目应用型本科院校”。2018年成为硕士学位授予单位。2018年、2024年先后通过教育部本科教学工作审核评估。

2017年，顺利接受教育部本科教学工作审核评估。2021年以来共有小学教育、汉语言文学、物理学、地理科学、生物科学5个专业顺利通过教育部师范类专业第二级认证。

作为新中国在边疆民族地区较早建立的一所普通本科高等医学院校，包头医学院在建校当年即招收五年制临床医学专业本科学生。