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2013年经教育部批准升格为普通本科学校并更名为黑龙江工业学院。2021年通过教育部本科教学工作合格评估，开启一流应用技术大学建设新征程。

66年来，学校坚持党的全面领导，贯彻落实立德树人根本任务，秉承“明德、笃学、励志、求真”校训，传承“艰苦创业、自强不息、创新发展、育人戍疆”办学精神，坚持“内涵发展、融合发展、开放发展、创新发展、特色发展”理念，已建设成为黑龙江北部地区规模最大、学科门类齐全、特色鲜明的应用型本科院校。

历经大庆师范学校、大庆师范专科学校、大庆高等专科学校和大庆师范学院四个发展阶段。2019年，学校划归黑龙江省人民政府管理。

曾获黑龙江省五一劳动奖状、黑龙江省文明校园标兵、黑龙江省五四红旗团委、哈尔滨市劳动模范单位等荣誉称号。

2000年3月，经教育部批准，合并组建更名为黑龙江工程学院，是一所以工为主、多学科协调发展的省属全日制普通本科院校。

学校设有8个二级学院、1个研究生院和1个中等专业学校，建立了中专、本科、硕士、博士全链条贯通式冰雪体育人才培养体系。获批省级领军人才梯队5个，建有博士后科研工作站和流动站2个。

学校坚持党的全面领导，依法治教、依法办学、依法治校，坚持“育人为本、德育为先”的理念，践行“为党育人，为国育才”的使命，培养了大批具有社会责任、创新精神、实践能力、健康身心、专门知识、扎根边疆的基础教育教师和服务地方的应用型人才。

学校是黑龙江省人民政府与国家应急管理部（原国家安全生产监督管理总局）共建高校，是国家教学工作水平评估优秀院校，是黑龙江省特色应用型本科建设示范高校。

城市交通四通八达，航班联结国内各主要城市，高铁是哈佳、牡佳和佳鹤的交汇点。佳木斯市辖区位于三江平原，这里拥有世界三大湿地之一的三江湿地、享誉中外的黑瞎子岛和独具特色的赫哲风情，是北大荒精神的发源地，是国家重要的商品粮生产基地，是中国最早迎接太阳升起的地方。

学校是黑龙江省属三所综合性大学之一，是全国文明单位、教育部本科教学工作水平评估优秀学校和黑龙江省高教强省（一期）重点建设高校。

作为全国文明单位、黑龙江省十佳和谐校园，学院不仅荣获教育部、卫生部首批卓越医生教育培养计划项目试点高校、全国首批“大思政课”（抗疫精神）实践教学基地、黑龙江省首批铸牢中华民族共同体意识教育实践基地等殊荣，还承担着中国医师人文医学执业技能培训基地、黑龙江省医学教育管理中心等重要职责。

学校历史溯源于1946年始建的牡丹江专区医院和1956年始建的黑龙江省卫生干部进修学校，1958年创建牡丹江医学院，著名历史学家郭沫若先生题写了校名。2024年5月经教育部批准同意，更名为牡丹江医科大学。